Introduction à la Biologie Non-Darwinienne

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Introduction à la Biologie Non-Darwinienne

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Résumé :

Cette contribution au colloque 2007 du réseau Blaise Pascal a pour objectif de clarifier les débats relatifs à l’évolution et au darwinisme en :

1) Définissant les termes du débat ;
2) Présentant certaines raisons scientifiques de ne pas considérer le darwinisme comme une explication globale de l’évolution ;
3) Présentant des approches alternatives au darwinisme ;
4) Décrivant la nature du mouvement de l’Intelligent Design ;
5) Analysant la position du magistère de l’Eglise sur le sujet.

Nous conclurons sur quelques propos d’ordre théologique à propos des rapports possibles entre darwinisme et foi chrétienne, et d’ordre scientifique, sur les concepts pouvant servir à ébaucher une nouvelle théorie de l’évolution.

1) Définitions des termes du débat

Combien de fois voyons-nous, surtout dans des ouvrages américains, une référence à « l’Évolution darwinienne » ? Il y a là une source sans fin de malentendus dont profitent tous les obscurantistes – qu’ils soient créationnistes ou scientistes.

L’évolution ne signifie rien d’autre (souligné par moi, J.S) que « tous les organismes sont unis par les liens de la descendance. Cette définition ne dit rien au sujet du mécanisme de changement évolutif ». Ces propos de Stephen Jay Gould , grand spécialiste à la fois de l’évolution et du darwinisme, ont le mérite de la clarté. Nous affirmerons ici avec force que l’évolution est un fait et que le darwinisme est l’une des explications possibles de ce fait. Nous ne perdrons pas de temps à démontrer que tous les êtres vivants ont un ancêtre commun et que si l’on remonte la longue suite de nos ancêtres, on trouvera bien un singe, puis un poisson, puis un invertébré et enfin une bactérie. D’où l’absurdité de la seule alternative à l’évolutionnisme, le créationnisme, c’est-à-dire l’idée selon laquelle il y aurait eu des créations séparées des différentes espèces qui peuplent la Terre. Nous dirons également que, contrairement à ce qu’affirment certains (ce qui leur permet d’être « agnostiques » par rapport à l’évolution, c’est-à-dire de réserver leur jugement à propos de son existence), ce n’est pas parce qu’on ne peut expliquer un fait qu’il n’existe pas. Dire, comme Philip Johnson (professeur de droit à Berkeley et l’un des fondateurs du mouvement de l’Intelligent Design qu’il est possible de ne pas considérer l’évolution comme un fait parce qu’on n’a pas d’explication satisfaisante de son mécanisme est aussi absurde qu’aurait été la position consistant à ne pas considérer comme un fait la rotation de la Terre autour du Soleil jusqu’à la mise au point par Einstein de la relativité générale, sous prétexte que la théorie de Newton ne nous disait pas pourquoi la Terre tournait autour du Soleil mais se contentait de postuler l’existence d’une mystérieuse force d’attraction à distance.

Bien entendu, tous les scientifiques chrétiens (même les plus darwiniens) croient en un créateur. Pour éviter les confusions, le terme de créationniste doit donc désigner ceux qui refusent l’idée que nous partageons un ancêtre commun avec les autres êtres vivants. Les néo-créationnistes sont ceux qui, comme Philip Johnson, refusent de prendre position sur la question.

Les darwiniens sont ceux qui affirment que les mutations dues au hasard et la sélection naturelle sont les principaux facteurs de l’évolution.

Les évolutionnistes non darwiniens sont tous ceux qui affirment que d’autres facteurs que les facteurs darwiniens jouent le premier rôle dans l’évolution. On peut les diviser en cinq écoles :
- Les tenants de l’auto-organisation.
- Les défenseurs d’une « évolution par lois naturelles » et non d’une « évolution par sélection naturelle ».
- Les néo-theilhardiens, pour lesquels l’évolution obéit à une logique interne la poussant vers une complexité croissante.
- Les néo-lamarckiens, pour lesquels certaines mutations ne se font pas au hasard mais en réponse à des changements de l’environnement.
- Les défenseurs d’une évolution non graduelle se produisant grâce à des macromutations coordonnées par le biais d’un apport d’information (dont ils postulent, en général, qu’il se produit à un niveau quantique).

Bien entendu, les membres de toutes ces écoles sont évolutionnistes. On ne peut en traiter aucun de néo-créationniste sans tomber dans une grave malhonnêteté intellectuelle. Pourrait-on imaginer de traiter un homme s’étant battu toute sa vie pour la reconnaissance de l’évolution tel que Pierre Teilhard de Chardin de néo-créationniste sous prétexte qu’il croyait que l’évolution était dirigée vers une complexité sans cesse croissante et non livrée aux seules lois du hasard et de la sélection naturelle ?

2) Quelques raisons de ne pas considérer le darwinisme comme une explication globale de l’évolution.

Les raisons sont de cinq ordres différents :

1) Les limites de la puissance de la sélection naturelle dans des cas concrets.
2) L’existence d’une coordination des mutations dans le long terme.
3) L’existence de « macromutations », d’évolutions non-graduelles.
4) L’existence de « tendances lourdes » dans l’évolution.
5) Des raisons théoriques provenant de l’analyse de ce que les algorithmes génétiques peuvent et ne peuvent pas effectuer.

Bien entendu, je ne peux présenter ici qu’une vue très partielle du problème. Le lecteur voulant juger mes idées de façon globale voudra bien se reporter au chapitre 11 de mon ouvrage Notre existence a-t-elle un sens ?

2.1 Les limites de la puissance de la sélection naturelle

De nombreuses espèces de papillons imitent parfaitement d’autres espèces de papillons. Généralement, le papillon imité contient une substance qui le rend incomestible pour les oiseaux. Il y a donc un énorme avantage, en terme de sélection naturelle, pour l’imitateur à ressembler à l’imité. Illustration classique du darwinisme vous dira-t-on avant de passer à autre chose. Curieusement, les darwiniens ne s’arrêtent jamais sur le fait que des papillons comestibles imitent parfois également… des papillons comestibles ! La seule explication qui semble possible en termes de sélection, c’est que le papillon imité était incomestible dans le passé. Mais alors, comment la sélection naturelle a-t-elle pu favoriser chez ses ancêtres la mutation lui permettant de passer du statut de « incomestible » à « comestible » ? L’existence d’une telle transition semble être en contradiction avec les concepts de base du darwinisme. L’autre explication de type darwinien serait là aussi de recourir au hasard pur allié à des « contraintes de construction ». Mais si les deux papillons sont identiques au point que les spécialistes eux-mêmes les confondent et qu’il s’agit d’espèces non apparentées, peut-on vraiment continuer à prétendre que cette ressemblance est due au hasard ?

Le phacochère, sorte de sanglier Africain, se nourrit de racines et s’agenouille sur ses pattes de devant pour pouvoir les déterrer. Les genoux de ses pattes portent donc des callosités, traces de ce travail quotidien. Mais voilà que l’analyse d’un fœtus de phacochère montre que les callosités sont déjà présentes avant la naissance (cf. Figure 1).

Figure 1 Une callosité présente avant la naissance. Coupe de la peau d’un fœtus de phacochère au niveau du genou (en bas) et à un autre endroit de la patte (en haut)

Selon la conception darwinienne, un petit phacochère a eu par hasard un jour des callosités au bon endroit. Dans son enfance, il a pu s’agenouiller plus confortablement que ses frères et cousins. Il a ainsi pu mieux se nourrir, devenir plus fort, mieux se reproduire, et au fil des siècles, ses descendants ont supplanté tous les autres phacochères. Un animal qui s’agenouille tous les jours pour se nourrir aura en quelques mois des callosités qui se formeront sur les genoux. Il sera donc très vite sur un pied d’égalité avec un phacochère « mutant », possédant des callosités depuis sa naissance. Peut-on sérieusement croire que disposer de callosités dès le départ est susceptible de donner à un jeune phacochère un avantage tel qu’il va, bien des années plus tard, mieux se reproduire que ses collègues ? Cela paraît être plus proche du conte de fées que du raisonnement scientifique. C’est une illustration de la faille centrale du darwinisme : la différence entre les pouvoirs réels de la sélection naturelle et les pouvoirs théoriques dont devrait faire preuve la sélection naturelle pour éliminer la nécessité de recourir à d’autres facteurs que les facteurs darwiniens pour expliquer l’évolution.

2.2 La coordination des mutations

Un curieux phénomène a été découvert il y a plus de 30 ans : celui de l’horloge moléculaire. Bien des protéines se retrouvent chez tous les êtres vivants. On peut donc analyser les différences existant entre la structure d’une même protéine chez une bactérie, une mouche, un poisson et l’homme. Voici un exemple portant sur le cytochrome C, une enzyme qui se situe dans les mitochondries, et qui intervient dans la production d’énergie.

Figure 2 Une étrange régularité dans l’évolution de certaines protéines. Différences entre la structure du Cytochrome C chez l’homme, la lamproie, le Bombyx, une levure et une bactérie

Les résultats sont des plus étranges : il y autant de différences entre le Cytochrome C d’une bactérie et celui d’une levure qu’entre celui de la bactérie et celui de l’homme ! Même chose pour le Bombyx lorsqu’on le compare au poisson et à l’homme. Qu’est-ce que cela veut dire ? Essayons de comprendre ce phénomène en prenant d’abord le « point de vue d’une bactérie » (Figure 3.A). La différence est à peu près la même (autour de 65 %) entre la bactérie et tous les autres êtres apparus après elle au cours de l’évolution. Tous ces êtres avaient un ancêtre commun avec la bactérie il y a plus d’un milliard d’années. Les descendants de cet ancêtre sont partis chacun de leur côté, emportant des Cytochromes C au départ tous identiques puis, sur chacun des « chemins » évolutifs menant à ces différents êtres (cf. Figure.2), les gènes codant les protéines de Cytochromes C ont muté, différenciant peu à peu les Cytochromes C les uns des autres. Ce qui est incroyable, c’est que les Cytochromes C se soient différenciés au même rythme chez tous les organismes depuis leur séparation. Cela veut dire que les gènes codant pour cette protéine ont muté au même rythme. Cela se confirme à tous les niveaux si l’on compare, par exemple, le Cytochrome C d’un papillon Bombyx à celui de tous les êtres plus évolués que lui ; ou celui d’un poisson à celui d’êtres apparus après lui (cf. Figures 3 B et C).

Figure 3 A, B et C A : Différences entre le Cytochrome C d’une bactérie et celui d’êtres plus évolués B : Différence entre le Cytochrome C du Bombyx et celui d’êtres plus évolués C : Différence entre le Cytochrome C d’une carpe et celui d’êtres plus évolués

Le résultat est le même que pour la bactérie ; simplement plus l’ancêtre commun est proche, plus les différences de % entre l’être considéré et ceux apparus après lui sont faibles (autour de 25 % pour le Bombyx et de 13 % pour la carpe). Il existe un phénomène bien connu appelé la dérive génétique : à chaque nouvelle génération, un gène a une certaine probabilité de muter. La plupart de ces mutations étant neutres, elles ne sont ni sélectionnées, ni rejetées par la sélection naturelle ; elles s’accumulent dans le génome au fil des générations et différencient celui-ci du génome de ses « cousins ». Ce phénomène a d’ailleurs donné naissance à la « théorie neutraliste de l’évolution » de Motoo Kimura , pour qui l’évolution provient essentiellement de cette dérive génétique neutre (ce qui explique encore moins que le darwinisme l’apparition de structures complexes). Ainsi, cette parfaite régularité des différences entre les molécules de Cytochromes C ne provient-elle pas ici de la dérive génétique ? Les gènes mutent régulièrement et cela influence la composition des cytochromes…

Eh bien NON ! Car le taux de mutation d’un gène est à peu près le même au sein de chaque génération pour des organismes différents alors que le phénomène que nous venons de décrire est constant relativement au temps astronomique !! Vu l’immense différence entre la durée de vie d’une mouche et d’un homme, il y a 250 fois plus de chances qu’un gène quelconque d’une mouche mute au cours d’une année que le même gène ne mute chez un homme. Au bout de 4 millions d’années, il y a un milliard de fois plus de chance qu’une mutation ait eu lieu dans un gène de mouche que dans un gène d’homme codant pour la même protéine. Pourtant, depuis des centaines de millions d’années, les protéines de Cytochromes C se modifient au même rythme, en fonction du temps géologique. Ce phénomène n’existe pas que pour le Cytochrome C. Et l’on ne peut pas en donner une interprétation en termes de sélection naturelle. Prenons l’hémoglobine, ce composant essentiel des globules rouges : ceux situés dans la lignée humaine ont connu un bouleversement complet de leur environnement (apparition des poumons, transformation du cœur, modification des globules rouges) alors que ceux situés dans la lignée d’un poisson ont peu connu de changements par rapport à leur situation d’origine. Cela n’empêche pas le gène codant pour l’hémoglobine de s’être modifié au même rythme (encore une fois, par rapport au temps absolu, alors que l’homme et ses ancêtres vivent bien plus longtemps que des poissons !) chez l’homme et le poisson . Roger Lewin a écrit dans Science : « On possède suffisamment de données montrant que l’horloge moléculaire existe et fonctionne même si de nombreuses et valables raisons semblent s’y opposer . » Les « raisons valables » qu’il mentionne ici ne sont pas seulement liées au fait que le taux de mutation tel qu’il est observé aujourd’hui est, comme nous l’avons vu, constant par génération – et non relativement au temps astronomique –, mais également aux présupposés darwiniens selon lesquels « rien dans l’évolution ne devrait procéder de manière synchronisée ». Il n’y a, à ma connaissance, pas d’autre façon d’interpréter l’existence de l’horloge moléculaire qu’en supposant qu’un facteur encore totalement inconnu coordonne les mutations génétiques dans le long terme. Et que ce facteur, à l’échelle de l’évolution, est bien plus influent que les facteurs darwiniens de mutations au hasard et de sélection naturelle. Si les mutations au hasard étaient plus fortes que ce système « régulateur » d’origine inconnue, le génome de la mouche devrait avoir accumulé bien plus de mutations que celui de l’homme. Si la sélection naturelle était plus forte que ce « système régulateur », alors l’hémoglobine de l’homme, à cause de tous les changements qu’elle a traversés, devrait avoir, au cours de son évolution, muté beaucoup plus que celle d’un poisson. Nous avons vu que ce n’était pas le cas !

2.3 L’existence des macromutations

Gould, dans Le pouce du panda, affirmait que pour de grandes transitions, il y a eu de vrais sauts, c’est-à-dire – il faut bien être conscient de ce que cela veut dire – des modifications se produisant en une génération . Plus tard, il a fait machine arrière sous « l’amicale » pression de ses collègues. Denis Duboule, généticien, professeur à l’Université de Genève, membre de l’Académie des Sciences française, m’a confié que, peu avant de mourir, Gould lui avait dit le regretter et avoir le désir de réétudier cette question. Denis Duboule explique bien que plus un système est complexe, plus il est intégré, moins il peut se modifier graduellement et soutient que certaines formes évoluées sont apparues grâce à des sauts. Comme l’aurait dit M-P Schützenberger, qui lui aussi pensait qu’il a fallu que se produisent des sauts véritables au cours de l’évolution , « on ne fera pas passer graduellement les anglais de la conduite à gauche à la conduite à droite ! ».

Voyons quelques exemples concrets de telles discontinuités : Le Galeopithecus, malgré l’existence de son extraordinaire membrane, est pourvu de pattes lui permettant d’accomplir un certain nombre de gestes courants tels que s’agripper à une branche (cf. Figure 4). La chauve-souris, elle, peut réellement voler mais ne peut plus rien saisir, ses doigts s’étant transformés en structure de soutien de ses ailes (cf. Figure 5).

Figure 4 Galeopithecus ou Lémur volant

Figure 5 Squelette de chauve-souris

Il saute aux yeux qu’en cas de transition graduelle de l’un vers l’autre, le Galeopithecus devrait perdre la fonctionnalité de ses pattes antérieures bien avant de pouvoir bénéficier des avantages dus au vol véritable. Il y a donc là une difficulté insurmontable : comment la sélection naturelle a-t-elle pu, pendant des milliers d’années, avantager des successions de mutants gravement handicapés puisqu’ils ne pouvaient plus se servir de leurs doigts et ne pouvaient pas encore voler ? Une macromutation a dû se produire. Mais a-t-elle pu se produire par hasard ? Battre des ailes nécessite en effet toute une « infrastructure » musculaire et respiratoire très différente de celle d’un animal capable de planer. C’est pourquoi un spécialiste des chauve-souris a-t-il pu écrire : « Chez les mammifères connus, d’un point de vue morphologique, génétique et phylogénique, il y a eu une telle distance entre la pratique du vol plané et le mode propre aux chauve-souris, qu’on pourrait presque dire que le développement du premier exclut la probabilité du développement ultérieur du second dans une même lignée phylétique . »

Mais alors, comment les chauve-souris sont-elles apparues ? Ne faut-il pas penser que des macromutations coordonnées par quelque chose ont eu lieues ? Ce problème de l’origine du vol existe aussi pour les oiseaux. Ils proviennent des reptiles, et là, nous avons un magnifique « chaînon trouvé », l’Archeopteryx, qui possède des ailes relativement proches de celles des oiseaux actuels et de nombreux caractères reptiliens. Mais si l’on veut le relier, par une suite graduelle d’intermédiaires, à un reptile arboricole vivant dans les arbres et capable de planer, on rencontre le même problème qu’avec la chauve-souris.

2.4 Des « tendances lourdes » dans l’évolution

Rien ne serait donc plus absurde pour un darwinien que de parler d’une mystérieuse « capacité à évoluer » – une prédisposition qu’auraient certains organismes – et qui ferait qu’ils auraient plus de chances d’évoluer que ceux qui en seraient dépourvus. Un darwinien y verrait un concept préscientifique, comme le « phlogistique » qui était censé donner aux corps solides une « capacité à brûler ». Et pourtant, vous avez certainement déjà pesté contre la présence de cafards dans votre cuisine ou votre salle de bains. Or les cafards actuels sont absolument identiques aux cafards d’il y a 100 millions d’années. Tout juste ont-ils acquis un segment de plus à leur antenne. Or, comme beaucoup d’insectes, les cafards mutent énormément. Depuis 100 millions d’années, imaginez un peu les extraordinaires modifications d’environnement que les cafards ont du subir pour aller des grandes forêts primitives jusqu’à nos égouts ! Alors comment explique-t-on leur absence totale d’évolution ? Les darwiniens répondront qu’aucune mutation assez favorable pour être sélectionnée n’est apparue pendant ces 100 millions d’années. Alors pourquoi les primates (qui mutent beaucoup moins et vivent tellement plus longtemps que les insectes) ont-ils eu la chance de connaître assez de mutations pour passer, en 40 millions d’années, d’un être de la taille d’une souris à l’homme actuel ? Mieux encore, la mouche drosophile est l’animal favori des généticiens, justement pour sa fréquence élevée de mutations. Or, on a retrouvé dans l’ambre de la Baltique des drosophiles de 50 millions d’années proches des drosophiles actuelles. Il paraît donc logique de distinguer « capacité à muter » et « capacité à évoluer ». Prenons l’exemple inverse. Les reptiles thériodontes sont l’un des exemples favoris des darwiniens car il s’agit d’une des meilleures preuves de l’évolution des reptiles vers les mammifères. Cela est parfaitement exact mais si j’étais darwinien, j’éviterais de trop en parler car tout en prouvant l’évolution, ils posent un sérieux problème au néo-darwinisme.

Figure 6 L’évolution depuis les reptiles jusqu’aux mammifères était-elle orientée ? Structure comparée de la mandibule et de son articulation, de bas en haut, chez un reptile primitif, un reptile thériodonte, un embryon de mammifère et un mammifère

La mâchoire inférieure d’un reptile se prolonge par deux os, l’Angulaire et l’Articulaire, qui s’articulent avec le Carré, lui-même rattaché au crâne (cf. Figure 6 en bas). Chez les mammifères, la mâchoire inférieure est directement articulée sur le crâne (Figure 6 en haut) et les trois os qui formaient l’ancienne articulation chez les reptiles, se retrouvent ensemble pour former l’oreille interne, organe dont les reptiles sont dépourvus.

Bel exemple de « transfert de fonctions », concept clé du darwinisme – et de l’évolution – me direz-vous ? Oui, et d’autant plus que lors du développement embryonnaire de la mâchoire inférieure chez les mammifères, l’Articulaire et l’Angulaire sont encore rattachés à la mâchoire avant de « migrer » vers l’oreille (Figure 6 en haut). C’est là qu’entrent en scène les reptiles thériodontes. Chez eux, la mâchoire a une double articulation : « en haut », comme chez les mammifères par contact direct de la mâchoire et du crâne, « en bas » par articulation du Carré sur l’Angulaire et l’Articulaire (Figure 6 au milieu). Mais à quoi peut bien servir une double articulation de la mâchoire ? À continuer à manger quand l’une des deux est cassée, me répondrez-vous peut-être. Un simple coup d’œil à la figure 6 montre que tout accident qui fracturerait la mâchoire inférieure de l’animal du bas de la figure fracturerait également celle de l’animal du milieu. Il faudrait une véritable opération chirurgicale pour trouver un cas dans lequel le système du milieu pourrait fonctionner alors que le système du bas ne le pourrait plus. Cette absence (théorique) d’avantage fonctionnel apporté par la possession d’une 2e articulation de la mâchoire est confirmée par l’observation (pratique) selon laquelle aucun autre vertébré n’a développé un tel système. Alors, pourquoi, durant des millions d’années, les mutations qui ont lentement et graduellement construit un tel système ont-elles été sélectionnées ? Jusqu’à preuve du contraire, la meilleure hypothèse me semble de postuler que quelque chose conduisait les reptiles thériodontes vers le stade mammifère. Leur double articulation de la mâchoire ne leur a servi à rien mais elle était essentielle pour que les mammifères soient, des millions d’années plus tard, pourvus d’une audition suffisante pour assurer leur survie – en entendant, par exemple, arriver leurs prédateurs. « Scandaleuse conception finaliste basée sur votre foi et non sur la science ! », « Retour obscurantiste à l’époque où Bernardin de Saint-Pierre écrivait que la peau du melon avait des stries pour aider le chef de famille à le découper en parts égales ! », rugiront certainement les darwiniens qui liront ce paragraphe. Et, pourtant, ce que je viens d’écrire provient d’une étude de Pierre-Paul Grassé, l’un des plus grands zoologiste du XXe siècle, qui montre que les reptiles thériodontes sont divisés en plusieurs sous-ordres, que chaque sous-ordre a développé dans leur mâchoire (ce que n’ont fait aucun autre ordre de reptiles) au moins quelques caractères mammaliens (mais pas tous jusqu’au même point) et que deux sous-ordres ont en parallèle connu la même évolution, les menant avec succès jusqu’aux mammifères . « En vérité et complète objectivité, on constate que les variations des thériodontes et des mammifères primitifs n’ont rien d’aléatoire ; elles s’additionnent, s’ajustent au cours du temps, sans avoir la moindre apparence pathologique. Aucun fait caractéristique de la mammalisation n’exige, pour être expliqué, un recours à la sélection . » Il y a bien une « tendance vers ». Cela ne doit pas nous surprendre car l’évolution dans son ensemble est bel et bien orientée ! C’est un fait que n’importe qui peut constater, et qui n’a rien à voir, mais alors vraiment rien, avec la foi religieuse de tel ou tel auteur ! Jamais, au cours de sa si longue histoire, l’évolution n’a permis à un mammifère de redevenir un reptile, à un reptile de redevenir un batracien, à un batracien de redevenir un poisson, à un poisson de redevenir un invertébré. L’évolution ne retourne jamais en arrière, c’est ce qu’on appelle la loi de Dollo. Les darwiniens l’expliquent généralement par le fait que, pour eux, une transition donnée nécessite que des mutations aléatoires se produisent juste au moment où les modifications de l’environnement les rendent favorables pour l’organisme qui les porte. Qu’il s’agit là d’un événement très peu probable. Et que donc la probabilité que l’événement inverse puisse par la suite se produire est quasi nulle ! Soyons sérieux ! Qu’est-ce qui est plus probable : que les premiers mammifères qui ressemblaient à des souris puissent se transformer en baleines, en hommes, en tigres, et en… chauve-souris, ou qu’ils se retransforment en reptiles thériodontes dont ils viennent « juste » (à l’échelle géologique) d’être issus ?

2.5 Limites théoriques des algorithmes génétiques Quels que soient les ajouts théoriques et pratiques au néo-darwinisme fournis par le progrès de nos connaissances (et certains, comme les gènes de régulation, sont essentiels), l’essence même de cette théorie n’a pas variée depuis la publication de L’origine des espèces : il s’agit d’une théorie basée sur le mécanisme dit « d’essais et d’erreurs ». On part d’un état X que l’on modifie de nombreuses fois au hasard. On regarde par rapport à un critère donné (par exemple la consommation minimale d’énergie) lesquels des mutants de l’état X + 1 sont les plus performants et on les recombine ensemble (chaque mutant est défini par un « génome », un certain nombre de bits d’information, duquel dépend ses performances). Et on recommence avec l’état X + 2, X + 3, etc. L’algorithme que je viens de décrire s’appelle un « algorithme génétique » justement parce qu’il est supposé simuler la façon dont évolue un génome au cours d’un processus de sélection naturelle. Mais quel est le réel potentiel de tels algorithmes ? Peuvent-ils faire évoluer un état X vers des formes qui ne soient pas seulement plus complexes que X mais de plusieurs ordres de grandeur plus complexes que l’état X (la complexité d’un état ou d’un système peut se calculer par diverses méthodes) comme le mammifère ou l’oiseau sont plus complexes que la bactérie ? Sur le papier, les théoriciens produisent avec des algorithmes de jolies structures dont la fonctionnalité n’est pas évidente. Mais supposons que cela marche, vous imaginez l’extraordinaire potentiel économique qu’il y a derrière ?

Prenons pour commencer des objets comme des fours à micro-ondes ou des téléviseurs, c’est-à-dire des objets bien moins complexes qu’un Airbus 380, lui-même bien moins complexe qu’un être humain. Modélisons-les et faisons-les muter, puis mettons en place des procédures de sélection des mutants. L’impact sur notre société en serait incroyable. Des innovations performantes seraient obtenues quasi automatiquement sans efforts, sans recherches. Des milliers d’ingénieurs et de designers seraient mis au chômage. Plus besoin d’eux ! Les processus de types darwiniens répondraient à tous nos besoins d’innovation. Et quel argument marketing ! « Nos micro-ondes ont été conçus par la méthode même qui est à la base de toute la créativité et l’inventivité de la nature, une méthode infiniment plus performante que l’esprit humain, puisque celui-ci est incapable de bâtir une simple cellule vivante : la sélection agissant sur des mutations dues au hasard ! » Mieux encore, en utilisant des systèmes de sélection multicritères, il devrait être possible, grâce au fameux « transfert de fonction », d’obtenir, toujours sans effort et sans intervention humaine, des fours à micro-ondes intégrant un téléviseur ! Il ne s’agit nullement ici de science-fiction mais d’une application modeste et très limitée de ce principe de « sélection des résultats d’un processus d’essais et d’erreurs », dont tant de scientifiques éminents pensent que lui, et lui seul, permet de passer en moins d’un milliard d’années d’un être unicellulaire à tous les êtres vivants existant sur Terre.

Bon ! Regardons maintenant autour de nous : où sont-ils ces fours à micro-ondes et autres appareils « darwiniens » ? Serait-il possible que je sois le premier à avoir eu une idée aussi brillante ? Bien sûr que non ! Depuis plus d’un quart de siècle, de nombreuses tentatives ont été faites via ces procédés pour améliorer non seulement des fours mais même des avions. Les résultats ? Echec total ! Notons au passage que vous aurez du mal à trouver des articles sur ces résultats : dans notre société, on n’aime pas beaucoup communiquer sur les résultats négatifs, surtout quand ils sont gênants pour un paradigme aussi important que le paradigme darwinien.

Certes, on ne peut pas exclure que des ordinateurs plus puissants donnent, dans 10 ou 20 ans, de meilleurs résultats. En fait, on peut même prédire que de légères améliorations de fours ou même d’avions seront certainement réalisées un jour grâce à ces procédés. Tout simplement parce que ce sont ces procédés qui ont permis en 10 000 ans d’obtenir tous les chiens actuels à partir d’une seule espèce de chien, ou d’améliorer les chevaux et les vaches. Mais nos ordinateurs sont déjà assez puissants pour produire en quelques jours des millions de générations d’un objet complexe. Cela nous montre bien certaines des limites du procédé. Si des améliorations ponctuelles des fours sont à attendre, il est plus que probable que l’on ne développera jamais ainsi un four téléviseur, de même que dans la nature, la sélection des éleveurs n’a jamais amené une vache ou un chien à devenir autre chose qu’une vache ou un chien (et pourtant, la sélection humaine, parce qu’elle est dirigée, va 1000 fois plus vite que la sélection naturelle). Mais alors, si ces procédés ne sont pas capables de créer des fonctionnalités radicalement nouvelles, comment les nouveaux organes apparaissent-ils dans la nature ? Le problème n’est pas nouveau. Dès 1967, un célèbre symposium au titre explicite s’est tenu au MIT : « Les défis mathématiques à l’interprétation néo-darwinienne de l’évolution . » Le thème en était celui que nous venons de décrire : la théorie mathématique montre que les niveaux d’ordre que peut atteindre un tel processus sont limités. Oui, l’ordre peut surgir du chaos… mais il s’agit d’un ordre limité, très éloigné de celui qui existe chez les êtres vivants. En 1967, avancer une telle affirmation était risqué. Après tout, il y a des gens qui se sont ridiculisés en affirmant qu’un objet plus lourd que l’air ne volerait jamais ! Quarante ans après, à une époque où l’on possède des ordinateurs capables de simuler des millions d’années d’évolution, les mathématiciens de l’époque (parmi lesquels M. Eden, M. Flato, M-P Schützenberger) apparaissent comme des visionnaires.

Ainsi Pierre Perrier, spécialiste de la modélisation, qui a eu accès aux grands ordinateurs d’un constructeur d’avion, et a pu vérifier de lui-même les difficultés existant pour permettre d’améliorer un système complexe de façon darwinienne, a-t-il des arguments de poids pour développer la ligne de pensée initiée en France par M-P Schützenberger. Dans un récent article , il ne reprend pas seulement la démonstration selon laquelle la croissance de la complexité au cours de l’évolution dépasse de loin ce que peut faire un algorithme génétique. Il montre également que cette croissance correspond à un « algorithme de contrôle optimal ». Dans un tel algorithme, le but recherché est intégré. L’un des exemples les plus célèbres d’un tel algorithme de « contrôle optimal » a été donné par Richard Dawkins. Dawkins a développé un programme afin de montrer la puissance des algorithmes darwiniens. Voilà ce que fait son programme :
- Il génère par hasard une suite de 26 lettres.
- Il fait « muter » cette suite de lettres en changeant au hasard l’une d’entre elles.
- Il produit à chaque stade toute une série de mutants, chacun ayant une seule lettre de différence avec la « suite mère ».
- Il compare les mutants de la 1e génération avec une phrase anglaise de 26 lettres tirée d’une pièce de Shakespeare, Il me semble que cela ressemble à une belette.
- Il garde le mutant le plus proche de la phrase et recommence le processus. Dawkins fait s’émerveiller son lecteur sur le fait qu’en quelques dizaines de générations, le programme peut produire la phrase de Shakespeare : « Quelle puissance possède le couple « mutations-sélection » ! » J’ai pu constater que cet exemple avait un impact sur de nombreux lecteurs. Même le prix Nobel Francis Crick en a été impressionné. Mais j’espère bien qu’il ne vous aura pas échappé à vous que Dawkins a intégré le but recherché dans son programme ! C’est-à-dire qu’il a utilisé un « algorithme de contrôle optimal » – de la famille des algorithmes dont Pierre Perrier nous dit qu’ils sont les seuls à pouvoir simuler l’évolution. Dawkins sait très bien ce qu’il a fait. Et s’il a « triché », c’est qu’il y était bien obligé. Si son programme s’était contenté de sélectionner les mutants qui contenaient un mot de la langue anglaise – c’est-à-dire s’il avait utilisé un algorithme génétique –, il lui aurait fallu des siècles pour obtenir une phrase anglaise correcte et sans doute des millions d’années pour obtenir la phrase de Shakespeare en question. Quel extraordinaire aveu ! Quand Richard Dawkins, le « grand prêtre du hasard », « l’éliminateur » de toute trace de finalisme dans l’évolution, veut montrer la potentialité du couple « mutations au hasard/sélection », c’est-à-dire du cœur même du darwinisme, il est obligé de recourir à un programme qui connaît depuis le début le but recherché. N’est-ce pas la meilleure indication possible permettant de penser que l’évolution s’est bien déroulée ainsi ?

3) Exemples d’approches non darwiniennes de l’évolution

Cette présentation rapide des conceptions de certains scientifiques est destinée à illustrer les écoles de pensée non darwiniennes décrites au point 1 (auto-organisation, évolution par lois naturelles, néo-theilhardisme, néo-lamarckisme,…). Je n’y ai pas inclus des scientifiques dont les idées sont bien connues de la majorité des membres du réseau Blaise Pascal (Anne Dambricourt, Jean Chaline, Rémy Chauvin). Par ailleurs, on pourra s’étonner de trouver ici des scientifiques dont certains se présentent comme tout à fait darwiniens. Ce serait oublier que dans tout système de classification visant à éclaircir une situation, les « étiquettes » sont attribuées en fonction des positions prises par les personnes, non en fonction de ce qu’elles disent d’elles-mêmes. Tony Blair peut, de bonne foi, affirmer qu’il est un homme de gauche, étant leader du parti travailliste. Cependant, de nombreux commentateurs le classent parmi les hommes de droite sur la base de sa politique économique, bien plus libérale que celle de nombreux gouvernements de droite. Gould et différents darwiniens considèrent que si l’on devait recommencer l’évolution, il serait bien improbable qu’elle produise de nouveau des êtres pourvus de conscience.

Bien entendu, les darwiniens savent parfaitement qu’il existe des tendances dans l’évolution. Le terme « orthosélection » a été formé pour désigner une action de la sélection agissant toujours dans la même direction sur une lignée (par exemple, l’augmentation de la taille). Toute la question est donc de savoir quel type de répétabilité les mécanismes darwiniens alliés aux contraintes de l’environnement peuvent provoquer. Certains des auteurs suivants argumentant avec force en faveur d’une répétabilité de l’évolution allant bien au-delà des limites de ce qui paraît acceptable pour les différentes écoles darwiniennes, il me paraît donc logiquement impossible de les classer parmi les darwiniens.

Le lecteur voulant avoir un aperçu plus complet des différentes thèses abordées ici voudra bien se rapporter au chapitre 10 de mon ouvrage Notre existence a-t-elle un sens ?

Stuart Kauffman, biologiste et mathématicien au Santa Fe Institute, appartient à l’école de l’auto-organisation. « Depuis Darwin, nous nous sommes tournés vers une seule force : la sélection naturelle […] Sans elle, nous pensons qu’il n’y aurait rien d’autre qu’un désordre incohérent. Je vais argumenter dans ce livre que cette idée est fausse. Comme nous le verrons, les sciences de la complexité et de l’émergence suggèrent que l’ordre n’est pas un accident, qu’il existe de grands « gisements » d’ordres spontanés […] L’étendue de ces ordres spontanés est bien plus grande que ce que nous avions pensé […] L’existence d’ordres spontanés est un défi fantastique aux idées établies en biologie depuis Darwin […] Si cela est vrai, quelle révision de la vision du monde darwinienne nous attend ! Nous ne sommes pas un accident, nous étions attendus. Mais la révision des conceptions darwiniennes ne sera pas facile. Les biologistes n’ont aucun cadre conceptuel dans lequel étudier un processus évolutionniste qui combine sélection et auto-organisation. Comment la sélection agit-elle sur des systèmes qui ont déjà un ordre spontané ? » Comme ces ordres s’enracinent dans les lois de la nature, cela nous permet de nous sentir de nouveau « chez nous dans l’Univers », alors que, selon lui, le darwinisme avait vidé le Monde de toute signification : « Le paradis a été perdu non à cause du péché mais à cause de la science . »

Pour Christian de Duve (prix Nobel de Médecine pour ses travaux sur la cellule), les lois biochimiques produisent des contraintes si strictes que le hasard est canalisé et que l’apparition de la vie – et même de la conscience – se produit nécessairement plusieurs fois dans l’Univers : « Selon la théorie que je défends, il est dans la nature même de la vie d’engendrer l’intelligence partout où (et dès que) les conditions requises sont réunies. La pensée consciente appartient au tableau cosmologique, non pas comme un quelconque épiphénomène propre à notre biosphère, mais comme une manifestation fondamentale de la matière. La pensée est engendrée et nourrie par le reste du cosmos . » Pour lui, les mécanismes de l’évolution sont ceux postulés par les darwiniens. La différence vient du fait que, lorsque l’on regarde l’évolution au niveau global, on s’aperçoit que le jeu est « truqué » et que les lois de la biochimie doivent amener non seulement la production de la vie mais également (position encore bien plus audacieuse !) celle de la conscience. Comme le dit C. de Duve en réponse à la célèbre phrase d’Einstein « Dieu ne joue pas aux dés », « Dieu joue aux dés, parce qu’il est sûr de gagner ! ». C’est en cela que ses positions sont radicalement différentes de celles des darwiniens classiques tels que Jacques Monod ou François Jacob. Sur le plan philosophique, Christian de Duve affirme : « J’ai opté en faveur d’un univers signifiant et non vide de sens. Non pas parce que je désire qu’il en soit ainsi mais parce que c’est ainsi que j’interprète les données scientifiques dont nous disposons . » Ses conceptions semblent proches du panthéisme : son ouvrage est dédié « À la Vie » qui est pour lui « un impératif cosmique ». Même si, de « l’extérieur », les conceptions de Christian de Duve semblent inciter à un certain finalisme (d’ailleurs, les ultra-darwiniens ne manquent pas de l’attaquer sur ce point), lui-même rejette totalement cette notion. L’évolution n’est pas un processus aveugle mais un processus ouvert se dirigeant vers une fin qui n’est écrite nulle part. Un rapprochement avec la « process theology » anglo-saxonne, inspirée de Whitehead, et selon laquelle Dieu ayant créé la créativité de la nature, le résultat de l’évolution ne saurait être déterminé à l’avance, est ici possible.

Simon Conway-Morris, professeur à Cambridge, est l’un des plus grands paléontologues actuels. Lui aussi se présente comme un darwinien : il n’y a pas d’autres mécanismes que les mécanismes darwiniens qui agissent dans la Nature. Pourtant, il affirme : « Le but principal de cet ouvrage est de montrer que les contraintes qui s’exercent sur l’évolution et la présence de nombreux phénomènes de « convergence » rendent l’émergence de quelque chose comme nous à peu près inévitable . » La « convergence » dont parle Conway-Morris, c’est le fait que, au sein de l’évolution, de nombreuses voies conduisent à des résultats quasi identiques. S’il est normal que le requin, le dauphin et un reptile marin comme le plésiosaure aient des formes identiques (pour pouvoir nager, il vaut mieux être profilé !), rien n’explique la raison pour laquelle le poulpe et l’homme ont des yeux dont la structure est proche (à l’exception de l’orientation de la rétine), alors que leur ancêtre commun n’avait, lui, pas d’yeux du tout. Ou la raison pour laquelle certains marsupiaux, en Australie, ont exactement la même structure de crâne que leur équivalent chez les mammifères placentaires . En multipliant les exemples de « convergences », Conway-Morris cherche à montrer que, contrairement aux affirmations des darwiniens, l’ensemble de toutes les formes biologiques possibles est limité et que cette limitation exerce des contraintes très strictes sur l’évolution : « Le consensus actuel est que chaque espèce est le résultat d’un processus dû au hasard et qu’il y a un grand nombre de possibilités, probablement bien plus que le nombre de planètes habitables dans la galaxie. Selon une telle conception, il est très improbable que les habitants d’une planète puissent ressembler à ceux d’une autre planète. Le phénomène de la convergence évolutionniste indique au contraire que le nombre d’alternatives est strictement limité […] Si cela est correct, cela suggère que la façon dont l’évolution « navigue » vers une solution fonctionnelle particulière peut fournir la base d’une théorie plus générale de la biologie. Cette approche postule l’existence de quelque chose d’analogue à des « attracteurs » par lesquels les trajectoires évolutionnistes sont canalisées vers des formes fonctionnelles stables . » Et il va jusqu’à affirmer (un point essentiel selon moi) : « Mon opinion est qu’un tel programme de recherche pourrait révéler un niveau plus profond de la biologie dans lequel l’évolution darwinienne resterait un concept central, mais où les formes fonctionnelles possibles sont prédéterminées depuis le Big Bang . » Il est extraordinaire de voir des conceptions aussi éloignées du néo-darwinisme (préexistence des formes fonctionnelles en tant que formes potentielles depuis le Big Bang, nécessité d’une nouvelle théorie en biologie, existence de quelque chose comme un attracteur pour canaliser l’évolution, inévitabilité de l’apparition de quelque chose ressemblant aux êtres humains) défendues par l’un des plus grands paléontologues actuels (dont, oh ironie, le travail fut encensé par Gould dans son ouvrage La vie est belle) qui, par ailleurs, se présente comme étant encore darwinien ! Cela montre bien le poids idéologique de la question. Vous devez vous prétendre néo-darwinien, et ce, quelles que soient vos idées, sinon vous êtes sociologiquement et scientifiquement mort… Conway-Morris est ici dans la même situation que Tycho Brahé qui avait bâti un modèle selon lequel les planètes tournaient autour du Soleil mais dans lequel la Terre… était encore au centre du Monde. Contrairement à Copernic et Galilée, le système de Tycho Brahé ne fut jamais condamné. Sa diffusion permit certainement l’ouverture de nombreux esprits et l’évolution de nos conceptions de l’Univers. D’où l’importance des idées de Conway-Morris, qui peut aujourd’hui jouer le rôle d’un Tycho Brahé de l’évolution… en attendant l’arrivée d’un Galilée !

Michael Denton, biochimiste et généticien, professeur à l’Université d’Otago (NZ) spécialiste de la génétique des yeux, va, pour sa part, encore plus loin que Conway-Morris, qui déjà allait lui-même plus loin que C. de Duve. Ses idées partent de conceptions comme celles de d’Arcy Thompson qui expliquait que les formes biologiques n’étaient pas arbitraires mais épousaient des formes mathématiques complexes. Denton montre que c’est vrai pour les protéines, avec un article au titre évocateur, « Le repliement des protéines en tant que formes platoniciennes : un nouveau support pour la conception pré-darwinienne d’une évolution par lois naturelles » illustrant la thèse selon laquelle les formes de protéines sont un « donné de la physique ». Les protéines se replient sur elles-mêmes. En théorie, elles pourraient le faire de très nombreuses façons différentes ; dans la pratique, il n’existe qu’un peu plus de mille formes de base pour les protéines. Il existerait donc une « structure sous-jacente aux protéines » comme c’est le cas pour les cristaux de neige qui ont toujours 6 branches. Cela amène Denton à postuler qu’au-delà des protéines, il peut en être de même pour les cellules, mais également pour les êtres vivants. L’existence de ces formes archétypales nous amène à concevoir une évolution guidée par les lois de la Nature. « La robustesse de certaines formes cytoplasmiques – telles que, par exemple, l’architecture du fuseau ou la forme cellulaire de protozoaires ciliés comme le Stentor – suggère que ces formes représentent peut-être, elles aussi, des structures exceptionnellement stables et énergétiquement favorables, déterminées par les lois physiques. S’il s’avère qu’une quantité substantielle de formes biologiques supérieures est naturelle, alors les implications seront radicales et d’une grande portée. Cela voudra dire que les lois physiques ont dû avoir un rôle bien plus important dans l’évolution des formes biologiques qu’on ne l’imagine généralement. Et cela signifiera un retour à la conception pré-darwinienne selon laquelle, sous-tendant toute la diversité du vivant, un ensemble fini de formes naturelles réapparaîtra encore et toujours partout dans l’Univers où il y a de la vie à base de carbone . » Il est à noter que Conway-Morris soutient également une telle conclusion . Par « retour à des conceptions pré-darwiniennes », Denton ne veut pas parler de conceptions non-évolutionnistes, mais de conceptions déjà évolutionnistes comme celles des « Morphologistes Rationnels » tels qu’Étienne Geoffroy Saint-Hilaire pour lesquels derrière toute la diversité de la vie, il y a des éléments de base assurant l’unité d’un type (par exemple, malgré leurs différences, les jambes des vertébrés terrestres obéissent à un principe commun. Pour ces scientifiques, leur unité ne peut pas être expliquée uniquement par le fait qu’elles proviennent d’un ancêtre commun. Les formes des organes obéissent à des critères rationnels et non uniquement aux lois de l’hérédité). L’ouvrage majeur de Denton L’évolution a-t-elle un sens ? s’inscrit dans la grande tradition anglaise des traités de « théologie naturelle » comme ceux de Bridgewater (8 ouvrages rédigés en 1830 par quelques-uns des plus éminents scientifiques de l’époque), de Lawrence Henderson sur l’adéquation parfaite entre l’environnement et la vie , ou le fameux traité de William Paley dans lequel il affirme que si l’on tombe sur une montre, on est forcé d’admettre l’existence d’un horloger. Cela l’a desservi en France où certains, ignorant que la « théologie naturelle » part de l’observation du réel pour n’en tirer des conclusions théologiques qu’à la fin, ont pensé que ce n’était pas la peine de le lire puisque c’était un ouvrage de théologie et non de science. Cela est gravement inexact. À part les quelques propos théologiques de conclusion que vous trouverez ci-dessous, l’ouvrage contient 500 pages purement scientifiques destinées à montrer que :
- Le carbone est de très loin le meilleur atome pour élaborer des systèmes complexes.
- L’eau est de très loin le liquide le mieux adapté à la vie, basée sur le carbone.
- Le bicarbonate est de très loin le meilleur tampon pour la vie à base de carbone.
- La seule région du spectre de la lumière du Soleil qui puisse traverser non seulement l’atmosphère, mais également l’eau est celle la plus utile pour la vie, etc.

« La thèse de la téléologie tire sa force de l’accumulation des arguments en sa faveur. Elle ne se fonde pas sur une seule preuve mais sur l’addition de toutes ces preuves ; sur la longue chaîne de coïncidences qui conduit de façon si convaincante vers l’objectif très particulier de la vie ; sur le fait que toutes ces preuves indépendantes s’emboîtent les unes dans les autres pour donner une magnifique totalité téléologique. Dans le domaine de l’évolution, la thèse se dégage également de l’addition des preuves. Prises une à une, ces preuves ne font que suggérer une possibilité ; mais considérées ensemble, elles donnent une image globale qui soutient fortement la notion d’évolution dirigée . » Denton sait bien que ses détracteurs affirmeront que l’Univers doit nécessairement donner l’apparence d’avoir obéi à un projet, car si l’Univers n’était pas adapté à notre existence, nous ne serions pas là. Mais si l’on peut soutenir une conception téléologique de la nature, « c’est en constatant que le cosmos est adapté à la vie non pas à un certain point mais optimalement ». Cette hypothèse d’une évolution dirigée est totalement scientifique et non pas religieuse ou philosophique (les opposants de Denton oublient en général ce point) parce qu’elle est poppérienne (c’est-à-dire réfutable). Pour la réfuter, il suffit de découvrir « un liquide alternatif aussi adéquat que l’eau pour la vie fondé sur le carbone, un moyen de construire un support de stockage de l’information génétique plus performant que la double hélice, un processus biochimique supérieur à l’oxydation, des structures plus performantes que les protéines, que la bicouche lipidique de la membrane, que le système cellulaire, que le bicarbonate, que les phosphates, etc. . » C’est seulement après tout cela que Denton en tire une conclusion qui, elle, est d’ordre théologique : « En raison de la doctrine de l’Incarnation qui impliquait que Dieu avait pris la forme humaine, aucune religion ne dépendait davantage de la notion d’une position absolument centrale et singulière de l’homme dans le cosmos que le christianisme. La vision anthropocentrique de la chrétienté médiévale est peut-être l’idée la plus extraordinaire que l’homme ait jamais formulée. C’est une théorie fondamentale et d’une prétention radicale. Aucune théorie humaine ne l’égale en audace puisqu’elle stipule que toute chose se rapporte à l’existence de l’homme […] Quatre siècles après que la révolution scientifique eut paru détruire cette conception, bannir Aristote et rendre caduque toute spéculation téléologique, le flot incessant des découvertes s’est spectaculairement retourné en faveur de la téléologie. La science, qui depuis quatre cents ans semblait le grand allié de l’athéisme, est enfin devenue, en cette fin de deuxième millénaire, ce que Newton et beaucoup de ses premiers partisans avaient ardemment souhaité : le défenseur de la foi anthropocentrique . »

L’homme n’est plus au centre de l’Univers au plan géographique mais retrouve, de façon plus subtile, une place centrale en tant que but de l’évolution de l’Univers. Aussi étonnant que cela puisse paraître à celui qui vient de lire ces lignes, Denton n’est nullement chrétien. Il ne fait que constater que la longue chaîne de coïncidences qu’il met à jour à travers les propriétés chimiques et biochimiques de la nature soutient un point central du christianisme. Ses travaux actuels portent sur la réhabilitation du vitalisme et la démonstration que les êtres vivants sont fondamentalement différents des machines . Ce qu’il est intéressant de noter, c’est qu’il s’agit pour lui d’une manière de réfuter à la fois le darwinisme et l’Intelligent design qui dépendent tous deux de cette conception selon laquelle les organismes vivants seraient analogues à des machines.

Pierre-Paul Grassé a été l’un des grands zoologistes du XXe siècle. Auteur d’un Traité de Zoologie qui fait référence, il a occupé pendant 30 ans la chaire d’Évolution à la Sorbonne. Voici un très bref résumé des idées exprimées dans son ouvrage majeur sur l’évolution , qui rassemble une grande partie des concepts non-darwiniens présentés ici :
- L’évolution n’est pas un phénomène aléatoire.
- L’évolution n’est pas un phénomène continu.
- L’évolution n’est pas obligatoirement liée à une nécessité immédiate. Cela implique qu’elle n’est pas le produit de la sélection naturelle.
- L’évolution et la mutation sont deux phénomènes séparés : en effet certaines espèces mutent énormément sans évoluer. Grassé a tout particulièrement étudié les tendances dans l’évolution (dont le passage des reptiles aux mammifères, comme nous l’avons vu et il en conclut : « La paléontologie révèle que les lignées issues d’une souche commune jouissent toutes d’une même tendance à réaliser une certaine forme, un certain type, mais à des degrés inégaux . »

Vincent Fleury, biophysicien, chercheur au CNRS, pense que « les plans d’ensemble des animaux que nous observons sont issus de processus physiques quasiment automatiques ». Et il n’hésite pas à proposer une théorie radicalement nouvelle de l’origine des êtres vivants dans laquelle la génétique (et donc les processus darwiniens de mutations et de sélection) ne joue qu’un rôle secondaire.

Fleury analyse le développement d’un embryon à partir de la première cellule, et montre que les dynamiques internes qui s’y développent peuvent être analysées par des concepts physiques précis. La base de sa théorie repose sur le calcul de la déformation induite dans le tissu vivant par une cellule qui se déplace. De façon très schématique, elle peut être résumée ainsi : « La formation des animaux a pour cause unique la collision de deux jets de cellules analogues à des ronds de fumée, qui foncent l’un vers l’autre comme des automobiles. Avant la collision, les animaux sont comme des ronds. Au cours de la collision, l’embryon plie comme de la tôle ou plutôt comme le linge que l’on repasse trop vite. L’ensemble de ces plis constitue un animal, avec son dos, ses bras, ses jambes, sa tête, etc. C’est tout. Si l’embryon plie dans le sens gauche-droite, cela donne un vertébré, si l’embryon plie dans le sens tête-queue, cela donne un crustacé . »

Fleury montre de façon détaillée que les organismes sont des entités holistiques globales et non pas des ensembles d’organes qui s’ajouteraient les uns aux autres par des inductions successives. Il considère l’ADN comme fournissant les « briques de base » pour construire l’organisme. Mais pour l’essentiel, le plan d’ensemble se constitue tout seul grâce à des écoulements, des pliages, des collisions, des poussées des tissus qui constituent l’embryon. Cette approche amène Fleury à parler « d’hypogénétique », c’est-à-dire de facteurs qui sont bien plus fondamentaux que la génétique et non plus « d’épigénétique », notion selon laquelle certaines caractéristiques des êtres vivants pourraient échapper à la dictature des gènes. Fleury montre comment les plans d’ensemble aussi différents que ceux des vertébrés tétrapodes, des arthropodes (araignées) ou des cnidaires (méduses) peuvent se former de façon très simple grâce à de tels mécanismes… et sans que la génétique soit pour grand chose dans la détermination de ces plans d’ensemble : « Comme je l’ai montré, la génétique joue un rôle minime dans le développement des organismes, dans leur forme (tous les arbres ont un tronc cylindrique indépendamment de la génétique). Les mutations modifient quelques molécules qui font tourner dans un sens ou un autre quelques rouages très simples […] Les minis-évolutions possibles à partir d’un animal donné sont déterminées par les lois de la physique au point qu’elles contraignent très fortement l’évolution. Nous verrons comment elles rendent l’apparition d’un animal allongé avec une grosse tête et des membres pratiquement inéluctable malgré tous les aléas de l’évolution sur cette pauvre Terre, qui en a pourtant connu ! »

Vasily Ogryzko, biologiste moléculaire, directeur de recherche à l’INSERM à Paris, est le pionnier dans le domaine des liens entre physique quantique et évolution. Il a publié un article dans une revue à « referees » dans lequel il développe une analogie entre une bactérie et un système quantique. Même si la plupart des propriétés physiques d’une bactérie obéissent aux lois de la physique classique (sa position et sa vitesse par exemple ne sont en rien concernées par le principe d’incertitude), certaines propriétés biologiques essentielles ne peuvent être connues simultanément. Si l’on connaît le génome d’une bactérie, on ne peut pas savoir comment elle va se développer dans certaines conditions. Si l’on observe la façon dont une bactérie mute et se développe dans certaines conditions, on ne connaît pas le génome de la bactérie « mère ». Il fait alors l’hypothèse selon laquelle les bactéries seraient en état de superposition, comme des objets quantiques, et que les mutations se produiraient lors de la « mesure ». Dans ce cas, l’ensemble des variations possibles du génome de la bactérie dépend des conditions elles-mêmes de la sélection. L’idée centrale de Ogryzko, c’est qu’il existe des cas dans lesquels on ne peut séparer la variation et le processus de sélection. C’est ce qu’il appelle le Post-darwinisme : « Contrairement au cas darwinien, les variants ne préexistent pas indépendamment les uns des autres avant la sélection, ils sont tous des composants d’un seul état. En d’autres termes, la sélection se produit non parmi une population d’objets mais parmi un ensemble d’états virtuels d’un même objet […] En dépit du fait que la sélection naturelle intervienne, cette sorte d’adaptation, associée ici à la réduction de la fonction d’onde, peut également être considérée comme lamarckienne . »

Une autre façon de relier évolution et physique quantique a été développée par Lothar Schäfer, professeur de physique-chimie à l’université de l’Arkansas. Il retrouve l’idée des « états virtuels » développée par Ogryzko. Toute mutation, comme nous l’avons déjà vu, est un phénomène quantique : c’est-à-dire qu’il s’agit du passage d’un état actuel de la molécule à un état qui, avant de devenir réel, existait à l’état virtuel. Comme le dit Schäfer, « Le hasard classique peut mener à n’importe quoi. Le hasard quantique, lui, ne peut mener que d’un état bien défini à un autre état bien défini ; jamais à un point arbitraire situé entre les deux ». Le choix entre des états quantiques préexistants est ce que Schäfer appelle « la sélection quantique ». « La sélection naturelle n’est pas la seule à diriger l’évolution, elle est contrôlée par la sélection quantique […] La sélection quantique révèle que dans l’évolution biologique, le hasard quantique n’a rien de commun avec le hasard darwinien. Pour les darwiniens, l’ordre émergent est un saut dans le néant et est créé par le hasard, un « bruit » que la sélection naturelle transformera en musique (cf J. Monod, Le hasard et la nécessité, 1970, p. 152). Dans l’émergence de l’ordre complexe par les états virtuels actualisés (EVA), la musique fait partie d’un concert cosmique qui n’est que révélé par les sauts quantiques . » Ce que Schäfer veut dire, c’est qu’une mutation rend réel (actualise) un état virtuel qui préexistait (sous sa forme virtuelle). Et que donc, partant d’une molécule donnée, les états futurs qui peuvent être le sien sont déjà déterminés avant même qu’elle ne mute – concept qui me paraît d’une grande importance. Schäfer a été le premier à calculer la structure d’un peptide par la mécanique quantique , ce qui a permis de prédire des détails de la structure d’une protéine avant qu’ils ne soient observés . De telles avancées fragilisent la position de ceux qui affirment que la mécanique quantique n’a rien à voir avec le vivant.

4) L’Intelligent Design : la complexité irréductible de la nature implique-t-elle l’existence d’un créateur ?

Comment se situe ce mouvement, qui fait beaucoup parler de lui à l’heure actuelle, dans notre grille d’analyse ? Notre approche permet de démêler aisément une question complexe. Ce mouvement est divisé en trois groupes bien distincts, unis cependant par leur critique du darwinisme et par l’idée selon laquelle la complexité des systèmes vivants est suffisante pour affirmer l’existence d’un « designer » – d’où le nom de ce mouvement.

- De purs créationnistes pour lesquels il est inconcevable que l’homme descende biologiquement d’un primate. Ce texte issu du site Web de Jonathan Wells en donne un bel exemple : « Les bébés humains ont besoin de lait pour survivre et grandir, ainsi les mammifères ont-ils dû exister avant que les humains n’apparaissent. Et il ne s’agit pas de n’importe quel mammifère. Le premier bébé humain a vraisemblablement dû être élevé par une créature lui ressemblant beaucoup – un primate semblable à l’homme. Cette créature, à son tour, ne peut uniquement avoir été élevée que par une créature intermédiaire entre elle et un mammifère plus primitif. Autrement dit, un plan en vue de l’émergence des êtres vivants doit avoir inclus quelque chose ressemblant à la succession de formes préhistoriques que nous trouvons dans les documents fossiles […] Bien que ce processus soit superficiellement semblable à la notion darwinienne de descendance commune, la théorie du « design » diffère de la précédente par le fait qu’elle maintient le besoin de l’existence des prédécesseurs, mais uniquement en termes de fournisseurs de la nourriture et de protection. Des organismes successifs sont « apparentés », dans le sens qu’ils représentent des étapes prévues dans l’histoire de la Vie, bien qu’ils ne soient pas génétiquement apparentés comme des ancêtres et des descendants pourraient l’être . » Cela signifie qu’il pense que les nouveaux plans d’organisation ne sont pas apparus par descendance et que la théorie du « design » n’est pas évolutionniste ! Ici, nous pouvons clairement voir une conception au sein de laquelle le bébé homo sapiens est livré par des anges puis éduqué par des singes qui s’occupent de lui.
- Des néo-créationnistes agnostiques vis-à-vis de l’évolution tels que Bill Dembski et Philip Johnson. Ainsi, Dembski, le principal théoricien du mouvement, a-t-il réaffirmé récemment que son site était ouvert à tous les non-darwiniens : les évolutionnistes comme les anti-évolutionnistes . Or, il est absurde de prétendre qu’un fait comme l’évolution n’existe pas sous prétexte que l’on n’a pas de bonne explication de ce fait.
- Des biologistes professionnels qui croient en l’existence d’un ancêtre commun, donc à l’évolution, mais qui pensent qu’elle est dirigée, tels que Michael Behe , Steve Minnich ou Doug Axe (qui m’ont tous confirmé qu’ils étaient évolutionnistes au sens où je l’ai défini au début de cet article). Ils représentent une forme extrême de biologistes évolutionnistes non-darwiniens qui entre dans la catégorie « macromutations canalisées », la dernière des formes de l’évolutionnisme non darwinien décrites au point 1. Pourquoi extrême ? Parce que, en partant des deux constats suivants :
- Les mécanismes darwiniens ne peuvent expliquer l’évolution,
- Les données scientifiques que nous avons permettent de déduire que « quelque chose » coordonne ou canalise l’évolution dans le long terme, cette « troisième école » de l’ « Intelligent Design » va trop loin dans ses conclusions en affirmant que cela prouve l’existence d’un concepteur de la vie. Comme Michael Denton le montre très bien, des lois naturelles peuvent expliquer cette coordination. Quant aux deux premières écoles, elles doivent être rejetées avec la plus extrême vigueur et ne font pas partie de la biologie évolutionniste non darwinienne qui est présentée ici. En effet, n’acceptant pas le concept d’évolution, elles ne font pas partie du tout de la biologie.

5) La position du Magistère

On oppose souvent aux non darwiniens (même s’ils ne parlent que de science) que « même le pape accepte le darwinisme ». La réalité est, elle, nettement plus nuancée. Le texte de référence en la matière est la lettre de Jean-Paul II à l’Académie pontificale des sciences le 22 octobre 1996 . Le point essentiel de ce texte est que le Pape reconnaît que l’évolution est un fait alors qu’en 1950, Pie XII y voyait « une hypothèse parmi d’autres ». « De nouvelles connaissances conduisent à reconnaître dans la théorie de l’évolution plus qu’une hypothèse. » Il est très significatif que les darwiniens, chrétiens ou non, citent abondamment cette phrase alors qu’ils n’évoquent jamais les deux passages suivants : « Plus que de la théorie de l’évolution, il convient de parler des théories de l’évolution. Cette pluralité tient, d’une part, à la diversité des explications qui ont été proposées du mécanisme (souligné par moi, J.S) de l’évolution et, d’autre part, aux diverses philosophies auxquelles on se réfère. » Ce passage montre de la façon la plus nette qu’il ne s’agit pas seulement de séparer la science de son interprétation idéologique et philosophique. Certes, il faut aussi le faire. Jean-Paul II écrit juste après : « Il existe ainsi des lectures matérialistes et réductionnistes et des lectures spiritualistes. » Mais la première partie affirme bien qu’il existe des théories et non une théorie de l’évolution, et qu’elles diffèrent par les mécanismes qu’elles proposent pour expliquer l’évolution.

Étant donné le style diplomatique et « ampoulé » de ce genre de message, il n’est pas possible d’imaginer un démenti plus cinglant à une affirmation clé des darwiniens, pour qui il ne saurait y avoir qu’une théorie susceptible d’expliquer l’évolution, le néo-darwinisme, et une seule sorte de mécanisme, le hasard et la sélection naturelle, tout le reste étant secondaire. Notons que Jean-Paul II était mieux informé que bien des scientifiques parce que pour parler ainsi de la « diversité des mécanismes », il fallait qu’il soit au courant d’au moins une partie des faits mentionnés ici, ce qui est loin d’être le cas de tout le monde. Plus loin, il dit : « En conséquence, les théories de l’évolution qui, en fonction des philosophies qui les inspirent, considèrent l’esprit comme émergeant des forces de la matière vivante ou comme un simple épiphénomène de cette matière, sont incompatibles avec la vérité de l’homme. Elles sont d’ailleurs incapables de fonder la dignité de la personne . » Ce deuxième passage semble dire que le darwinisme est incompatible avec la foi chrétienne puisque le darwinisme affirme justement que les seules forces de la matière vivante permettent l’émergence de toutes les formes vivantes et de leurs caractéristiques, l’une d’entre elles étant justement l’esprit qui est associé à la forme Homo sapiens.

J’ai demandé au Cardinal Georges Cottier, théologien de la maison pontificale, de m’expliquer ce passage. Il m’a répondu qu’il ne s’agissait pas d’une condamnation du néo-darwinisme stricto sensu, qui est l’une des possibilités existant parmi d’autres pour expliquer l’évolution, mais de l’extension du néo-darwinisme aux théories sur l’origine de l’esprit. Bref, si ce texte supporte l’évolution, il est très, très loin de constituer un support inconditionnel au darwinisme ! Récemment, le Cardinal Schönborn, archevêque de Vienne, a publié dans le New York Times un article qui a fait grand bruit et suscité tant de critiques qu’il a du a posteriori faire publier des précisions, pour ne pas dire un démenti. Pour moi, l’erreur impardonnable de Schönborn est d’avoir écrit que le texte de Jean-Paul II de 1996 sur l’évolution était « vague et pas important » alors que nous avons vu qu’il était très précis, très subtil et tout à fait essentiel. En fait, ce que Schönborn cherche à dire, c’est que l’évolution est vraie et que le néo-darwinisme est faux. Mais, comme il se prend les pieds dans le tapis du vocabulaire (qui en anglais fusionne les notions d’évolution et de néo-darwinisme dans un néologisme « Darwinian évolution » qui rend tout confus) il le dit de manière « vague et pas importante » (« L’évolution, en tant qu’existence d’un ancêtre commun, peut être vraie, mais l’évolution au sens du néo-darwinisme, un processus de mutations au hasard et de sélection naturelle, non planifié et non guidé, ne l’est pas »), ce qui ne l’empêche pas d’avoir en partie raison sur le fond.

Conclusion

1) Être darwinien et chrétien : quelle cohérence ?

De très nombreux scientifiques, philosophes et théologiens sont darwiniens et chrétiens. En général leur position est proche du schéma suivant :
- Il faut séparer la science de l’idéologie. Sur le plan scientifique, le darwinisme fournit bien une explication globale de l’évolution mais des gens comme Dawkins ou Dennett y rajoutent de l’idéologie et essayent de faire avaler au public tout à la fois les résultats scientifiques du darwinisme et leurs interprétations matérialistes.
- Il faut différencier la notion de « hasard intrinsèque à la nature » d’un hasard qui ne serait que la conséquence de notre ignorance.
- Rien ne prouve que l’évolution soit due à un hasard intrinsèque. Cela permet de continuer à penser que le processus n’est pas livré à la seule contingence.
- Les plus audacieux, tels Ken Miller ou Robert Russell, vont jusqu’à introduire la mécanique quantique en faisant remarquer, comme nous l’avons vu, qu’en dernière analyse, toute mutation est un phénomène quantique, que la physique quantique est la grande source d’indéterminisme dans l’Univers et que l’on peut très bien imaginer que Dieu agit à ce niveau-là pour orienter l’évolution sans violer aucune des lois de la Nature et nous laisser la liberté de ne pas croire en lui. Fort bien, mais je pense qu’il y a un problème. Si on se limite uniquement aux faits scientifiques utilisés par Dawkins ou Gould, je pense que c’est Dawkins et Dennett qui sont plus crédibles que les darwiniens chrétiens. Oui, Dieu peut agir par l’intermédiaire de l’indéterminisme quantique. Mais si tout se passe comme si l’évolution était due à des événements contingents, pourquoi faire appel à ce concept ? Dans un tel cas, il est plus probable que nous soyons bien ici par hasard.

Pour être crédible, la position des darwiniens chrétiens devrait, au minimum, intégrer une canalisation du hasard, comme le fait C. de Duve, ou une analyse des phénomènes de convergence ou du passage reptiles-mammifères. La position du paléontologue Marc Godinot est particulièrement encourageante. S’il reste totalement « orthodoxe » en ce qui concerne les mécanismes de l’évolution, il n’en écrit pas moins : « L’histoire des mammifères montre des évolutions répétées dans de multiples lignées de caractères nouveaux, qui suggèrent des contraintes de développement. Les progrès récents en biologie du développement expliquent comment les variations phénotypiques sont délimitées, réduisant fortement le nombre des chemins évolutifs possibles. Cette diminution de la part du hasard rend l’évolution plus compréhensible . » Propos qui rapprochent sa position de celle de C. de Duve, voire de Conway-Morris. Ma position personnelle, comme vous l’avez sans doute déjà compris, n’est pas que Dieu intervient sur les mutations quantiques pour orienter l’évolution. Car je crois que Dieu … à d’autres choses à faire que cela ! Je crois que Dieu a créé les lois de la nature, que ces lois génèrent en elles-mêmes des choses telles que la table des éléments qui permet de classer les atomes, la structure des cristaux de neige, ou les archétypes des diverses formes d’êtres vivants, et que ce sont ces lois et ces archétypes qui guident l’évolution. Il faut autant que possible se garder de toute vision trop anthropomorphique de Dieu et de son action.

2) Quels sont les concepts pouvant permettre d’ébaucher une nouvelle théorie de l’évolution ?

- Les conceptions de Christian de Duve et Simon Conway-Morris selon lesquelles l’évolution de la vie serait d’une façon ou d’une autre canalisée vers des formes de plus en plus complexes amenant à l’existence d’êtres conscients. Les deux théories ont en commun le fait que le nombre des formes possibles dans la nature est bien plus réduit que ne le pensent les darwiniens. Pour C. de Duve, le processus est un simple processus « d’exploration des possibles » par des voies tout à fait darwiniennes. Mais comme le nombre des possibles est assez limité, on est sûr de tomber dessus par hasard (si vous lancez 100 fois un dé, vous êtes sûr de faire au moins un 6). Certes, l’évolution aurait pu être comme cela , mais l’existence de tendances qui se prolongent sur des millions d’années comme celles des reptiles thériodontes montre qu’il y a quelque chose de plus. Conway-Morris, lui, va plus loin. Il parle de « navigation de l’évolution d’une solution fonctionnelle à une autre ». Ici ce ne sont pas les possibilités dues au hasard qui sont limitées, c’est le « paysage évolutif » qui préexiste sous forme virtuelle et qui canalise les trajectoires évolutives vers des formes cohérentes et viables (ce que Conway-Morris appelle des « nœuds stables de fonctionnalité »). Il ne s’agit donc plus ici d’un processus aveugle d’exploration d’un nombre limité de possibles. Pour visualiser ce que Conway-Morris veut dire, il faut imaginer une montagne aux flancs couverts de ravins, au sommet de laquelle on lance des billes (cf. Figure 7). On connaît à l’avance, en fonction de la structure du paysage, l’ensemble des routes que pourront parcourir les billes et les zones où elles n’iront jamais. Ce concept a été appliqué à la biologie dès les années 50 par Waddington sous le nom de « chréodes ». Bien entendu, les conceptions de Conway-Morris s’appuient également, comme le montre son ouvrage Life’s solution, sur l’existence de très nombreuses convergences survenues au cours de l’évolution.

Figure 7 Paysage évolutif avec indication des différentes trajectoires possibles pour l’évolution

- Les conceptions de Michael Denton et de d’Arcy Thompson selon lesquelles il existe des formes platoniciennes ou des archétypes dans la Nature et des lois mathématiques influant sur les formes des êtres vivants.
Ici, on fait un pas de plus par rapport à Conway-Morris. Ces « nœuds stables » sont contenus dans les lois de la nature (ils sont « built in », dira-t-on en anglais) de la même façon que les lois de la nature impliquent que tous les cristaux de neige auront 6 branches quelle que soit la diversité et la complexité de leurs formes. L’argument repose ici sur la démonstration de Denton selon laquelle ce serait déjà le cas pour ce qui est des protéines et peut-être pour ce qui est de structures plus complexes telles que les microtubules, voire les cellules, et sur la démonstration de d’Arcy Thompson selon laquelle toute une série de structures dans la nature obéit à des lois mathématiques (les pommes de pin, les feuilles de tournesol, les coquilles de certains mollusques suivent une suite de Fibonacci ; les coquilles d’escargot et les cornes de bélier suivent une spirale logarithmique) et possèdent donc une logique sous-jacente.

- Les conceptions de Goldschmidt, Gould et Duboule sur la nécessité de sauts dans l’évolution pour effectuer certains passages d’un type à un autre.
Pour Conway-Morris ou C. de Duve, il n’existe pas de différences entre micro et macroévolution. Mais cela semble incompatible à la fois avec des constatations pratiques (la structure des fossiles déjà trouvée s’écarte fortement du gradualisme) et théoriques d’ordre paléontologique (la nécessité d’un saut pour l’apparition de la chauve-souris ou du bassin permettant la bipédie chez les australopithèques), génétique (plus un génome est complexe et plus ses gènes interagissent en grand nombre, moins une transformation graduelle est possible – c’est un des apports récents de Duboule) et mathématique (on ne passe pas graduellement d’une structure basée sur une formule mathématique à une autre structure, basée sur une autre formule, or nous avons vu avec d’Arcy Thompson que nombre de choses relatives aux êtres vivants sont basées sur des formules mathématiques).

- Le modèle de Vincent Fleury concernant l’origine des formes des êtres vivants.

- Les constatations de mathématiciens et de modélisateurs comme M-P Schützenberger ou Pierre Perrier selon lesquels, dans sa croissance en complexité, l’évolution suit un algorithme de contrôle optimal, c’est-à-dire un algorithme allant vers un but qui est intégré au processus ou un algorithme qui « connaît » le paysage dans lequel il évolue.

Retenons de tout ceci :

1) Que critiquer le darwinisme est radicalement différent du fait de critiquer l’évolution. La première démarche se situant à l’intérieur de la science, la deuxième, à l’extérieur de cette dernière.
2) Qu’il existe de nombreux scientifiques offrant des voies de recherche alternatives au darwinisme.
3) Que parmi celles-ci, la plus prometteuse que l’on retrouve sous des formes différentes chez Conway-Morris, Denton, Fleury, Grassé, est celle d’une évolution par « lois naturelles » dans laquelle les formes possibles des êtres vivants existent en nombre limité et sont inscrites dans les lois de la nature.
4) Qu’une telle théorie de l’évolution, en laissant moins de place à la contingence que le darwinisme, implique que l’existence d’êtres tels que nous n’est pas due au seul hasard, ce qui paraît plus compatible avec la foi chrétienne.
5) Que l’Intelligent Design, dans sa partie évolutionniste (la seule que l’on puisse considérer) ne représente qu’une tendance ultra minoritaire (sur le plan scientifique bien entendu) et extrémiste de la biologie évolutionniste non darwinienne.
6) Que si le Magistère de l’Eglise soutient fermement l’évolution, il n’a jamais soutenu explicitement le darwinisme.
7) La question de savoir dans quelle mesure le darwinisme est compatible avec la foi chrétienne est un débat intéressant… sur lequel, à ma connaissance, il n’existe pas de position tranchée du Magistère.

1 Stephen Jay Gould, La foire aux dinosaures, Le Seuil, 1993, p. 390.
2 Philip Johnson, Le darwinisme en question, Édition Pierre d’Angle, 1996.
3 Presses de la Renaissance, 2007.
4 Motoo Kimura, Théorie neutraliste de l’évolution moléculaire, Flammarion, 1990.
5 Toute cette analyse sur l’horloge moléculaire est tirée de deux livres de Michael Denton, Évolution : une théorie en crise, Flammarion, 1992, p. 282- 315 et L’évolution a-t-elle un sens ?, Fayard, 1997, p. 356-364.
6 Roger Lewin, « Molecular clocks turns quarter of century », Science 239, 1988, p. 561-563.
7 Roger Lewin, « Molecular clocks turns quarter of century », Science 239, 1988, p. 561-563.
8 Il est très important de noter que la sélection naturelle joue quand même un rôle dans cette histoire d’horloge moléculaire. Une protéine essentielle telle que les histones, par exemple, aura un taux de modification plus faible que le Cytochrome C, tout simplement parce que toute une série de mutations possibles sont mortelles pour l’organisme. Mais le fait que des familles de protéines évoluent à des rythmes différents les unes par rapport aux autres ne remet en aucune façon en cause le raisonnement présenté ici qui est basé sur le fait que l’accumulation des mutations dans une même famille de protéines se produit dans des organismes très différents au rythme du temps astronomique et non pas au rythme des générations. Il faut également préciser que l’action de la sélection naturelle, si elle était effective dans la situation décrite ici, n’amènerait pas forcément les protéines à évoluer plus vite, justement à cause des contraintes que nous venons d’évoquer. 9 Stephen Jay Gould, Le pouce du panda, Grasset, 1980, p. 180-187.
10 Conférence de Denis Duboule
11 Voir son interview dans La Recherche n° 283, janvier 1996, p. 87-90.
12 Jepson G.L, « Bats origins and evolution » in Biology of bats, Vol. I, ed. W.A Winsatt, p. 1-64, voir p. 42-46.
13 Ce dernier point (la double évolution en parallèle) peut être remis en cause sans que cela réfute le raisonnement présenté.
14 Pierre-P. Grassé, L’évolution du vivant, Albin Michel, 1973, p. 93.
15 P.S. Moorhead et M. M. Kaplan eds, « Mathematical challenges to the néo-darwinian interpretation of evolution », Wistar Institute Symposium Monograph, 1967.
16 « Que nous apprend l’analyse mathématique de la micro et de la macroévolution ? in L´evoluzione : crocevia di scienza, filosofia e teologia, P. Rafael Pascual, Éditions Studium Roma, 2005, p. 149-197.
17 R. Dawkins, L’horloge aveugle, Robert Laffont, 1989, p. 65-68.
18Stuart Kauffman, At home in the Universe, Oxford University Press, 1995, p. 8.
19 Ouvrage cité, p. 4, voir aussi p. 6-7.
20 Christian de Duve, Poussière de vie, Éditions Fayard, 1996, p. 493.

21 Christian de Duve, Poussière de vie, Éditions Fayard, 1996, p. 494.
22 Simon Conway-Morris, Life’s solution, Cambridge University Press, 2003, p. 328.
23 Ouvrage cité, p. 131.
24 Ouvrage cité, p. 309.
25 Simon Conway-Morris, Life’s solution, Cambridge University Press, 2003, p. 309-310.
26 Le 7 janvier 2007, lors d’un séminaire du Faraday Institute
à l’Université de Cambridge, John H. Brooke, premier professeur à avoir occupé une chaire de science et religion à l’Université d’Oxford, a lui aussi comparé Conway-Morris à un Tycho Brahé moderne.
27 Michael Denton, Craig Marshall, Michael Legge, « The protein folds as platonic forms : new support for the pre Darwinian conception of evolution by natural laws », Journal of Theoritical Biology, 2002, p. 219, p. 325-342.
28 Michael Denton and Craig Marshall, « Laws of form revisited », Nature 2001, 22 march 2001, p. 417.
29 Simon Conway-Morris, Life’s solution, Cambridge University Press, 2003, p. 11.v 30 Lawrence Henderson, The fitness of the environment : an inquiry into the biological significance of the properties of matter [1913], Beacon Press : Boston MA, 1958, reprint
31 Michael Denton, L’évolution a-t-elle un sens ?, Éditions Fayard, 1997, p. 516. Nature’s destiny. How the law of biology reveal purpose in the Universe, Free Press, 1998.
32 Michael Denton, ouvrage cité, p. 516.
33 Michael Denton, ouvrage cité, p. 517.
34 Michael Denton, ouvrage cité, p. 522.
35 Michael Denton, « Organism and machine : the flawed analogy »
36 L’évolution du vivant, Albin Michel, 1973.
37 Ouvrage cité, p. 400.
38 Vincent Fleury, De l’œuf à l’éternité, le sens de l’évolution, Flammarion, 2006, p. 240.
39 Ouvrage cité, p. 33
40 Pour Fleury, les plans d’organisation se situent à un niveau beaucoup plus fondamental que pour la plupart des non gradualistes. Ainsi, pour lui, l’évolution qui mène des prosimiens à l’homo sapiens est une mini-évolution (et non une micro) qui se déroule dans le même plan d’organisation, alors que cette évolution passe à travers 5 plans différents pour Jean Chaline et 6 pour Anne Dambricourt.
41 Ouvrage cité, p. 206.
42 Vasily Ogryzko, « A quantum theoritical approach to the phenomenon of directed mutations in bacteria », Biosystems 43, 1997, p. 83-95.
43 L. Schäfer, « L’importance des états virtuels dans l’émergence de l’ordre complexe de l’Univers », PhiloScience n° 3, 2007.
44 L. Schäfer, C. Van Alsenoy and J.N. Scarsdale, « Molecular structures and conformational analysis of the dipeptide N-acetyl-N’-methyl glycyl amide and the significance of local geometries for peptide structures », J. Chem. Phys., 76, 1982, 1439.
45 X. Jiang, M. Cao, B. Teppen, S.Q. Newton and L. Schäfer, « Predictions of protein backbone structural parameters from first principles : systematic comparisons of calculated N-C(a)-C’, angles with high-resolution protein crystallographic results », J. Phys. Chem, 99, 1995, 10521.
46 http://www.tparents.org/library/unification/talks/wells/nat-select.htm
47 http://www.uncommondescent.com/index.php/archives/747
48 Michael Behe, Darwin’s black Box, The Free Press, Simon and Schuster, 1996.
49 Pour la petite histoire, j’ai eu l’honneur de faire partie des premières personnes à en prendre connaissance puisque j’étais l’un des invités de cette session plénière de l’Académie Pontificale des Sciences.
50 Message délivré à l’assemblée plénière de l’Académie Pontificale des sciences, 22 octobre 1996, repris par le Jubilé du Monde de la Recherche et de la Science, Conseil Pontifical de la Culture, 2000.
51 Cardinal Schönborn, « Finding design in nature », New York Times, 7 juillet 2005
52 Marc Godinot, Hasard et direction en histoire évolutive, article cité, p. 497.
53 Denton l’a d’ailleurs envisagé, voir L’évolution a-t-elle un sens ?, p. 356.
54 La suite de Fibonacci est une suite au sein de laquelle chaque nombre est la somme des deux précédents : 1, 1, 2, 3, 5, 8, 13, 21, etc. La structure de nombreux organismes est calquée sur ces nombres : par exemple, la pomme de pin a 13 spirales à gauche puis 21 à droite.

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